合理的阵容搭配是通关和挑战道馆的关键。队伍需要兼顾属性克制、技能覆盖和战斗节奏，通常建议选择水、火、草三种基础属性作为核心，再补充电、飞行或地面系宝可梦以应对特定敌人。前期御三家中的小火龙或杰尼龟是不错的选择，前者能快速压制草系道馆，后者则对岩石系道馆有优势。中后期可根据遇到的敌人类型调整阵容，例如电系宝可梦针对水系道馆，而超能力系则对毒系效果显著。
队伍中至少需要一名高防御或高血量的宝可梦作为坦克，例如卡比兽或水箭龟，它们能承受敌方攻击并为其他成员创造输出机会。携带一名高速宝可梦如比雕或雷伊布，能在关键时刻先手压制或使用状态技能干扰对手。技能搭配上，优先选择覆盖面广的招式，如冲浪、雷电拳和地震，避免过度依赖单一属性攻击。道具如剩饭或先制之爪能进一步提升生存或先手概率，但需根据战斗场景灵活调整。
针对游戏后期的神兽战和冠军之路，阵容需进一步优化。闪电鸟、急冻鸟等传说宝可梦可大幅提升队伍强度，但捕捉前需准备好高级球和状态技能。急冻鸟适合对抗龙系和飞行系敌人，而超梦则是全能型选择。普通宝可梦中，暴鲤龙和化石翼龙因其高种族值也值得培养。注意平衡队伍弱点，避免被单一属性（如电系）全面克制，可通过地面系或特性（如避雷针）弥补。
实战中，阵容的使用需结合敌方情报。道馆战前建议侦查馆主的主力属性，例如马志士的电系道馆需地面系宝可梦主攻。野外训练师多以属性专精为主，可针对性切换成员。宝可梦等级不宜差距过大，避免因等级压制导致战术失效。后期可通过战斗塔或对战开拓区测试阵容强度，反复调整技能和道具配置以优化表现。
通过合理分配经验值和努力值，宝可梦的潜力能得到最大化发挥。努力值刷取地点如四岛的小水怪（提升HP）或冠军之路的野生宝可梦（综合提升）是高效选择。技能机如破坏光线和冰冻光束可通过剧情或商店获取，优先给主力学习。没有绝对完美的阵容，灵活应对和持续调整才是通关的核心策略。
